NCBI簡單的來說就是一個(gè)生物信息庫，四面八方不分國界地吸收著關(guān)于生物的一切信息，是一個(gè)洋溢著生命氣息的軟件。

它是富有的，用中國話說就是包羅萬象，不可勝言，車載斗量，斗量筲計(jì)，浩如煙海，換句話說就是“貧窮限制了我們的想象”。有多富有就會(huì)有多強(qiáng)大，有多強(qiáng)大也就有多好用，好用而又免費(fèi)那就是天上掉餡餅，喜歡什么餡就接什么餡嘍。

下面就先介紹兩種餡，吃對了，吃飽了就可以擴(kuò)展科學(xué)新領(lǐng)域啦。

1 查找基因、轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物和蛋白

01 基因名字

當(dāng)我們知道一個(gè)基因的名字，但是并不清楚這個(gè)基因的具體信息時(shí)，就可以通過名字對其進(jìn)行檢索，在NCBI的首頁在檢索的下拉菜單中選擇Gene，輸入基因名字，點(diǎn)擊search，關(guān)于這個(gè)基因的信息就無處躲藏。

舉個(gè)簡單的例子，比如這幾年一直困擾我們的冠狀病毒的一個(gè)基因orf，檢索后就會(huì)出現(xiàn)下圖的信息。

點(diǎn)擊紅框部分就可以出現(xiàn)這個(gè)基因的信息，然后我們就可以看到下圖的信息，只要點(diǎn)擊每個(gè)向下的箭頭就可以展開詳細(xì)的信息。

這還沒有結(jié)束，在展開的具體內(nèi)容上，鼠標(biāo)就會(huì)變成小手手，點(diǎn)哪都會(huì)出現(xiàn)相應(yīng)的具體信息，手手動(dòng)起來還怕看不穿它的前世今生嗎？

不論是基因還是蛋白最需要關(guān)注的就是序列部分，序列就是在NCBI Reference Sequences（RefSeq）條目下進(jìn)行查看。

如下圖，圈紅的NC是基因，NP蛋白。點(diǎn)擊框紅部分，將顯示的頁面翻到最后就可以看到具體的序列信息了。

以蛋白為例，檢索到的蛋白序列如下圖。

02 基因ID

拿到基因的ID就是拿到了確認(rèn)它唯一身份的證件，這個(gè)要比名字更容易鎖定，畢竟基因名稱也像人名一樣，重名的太多了。檢索方式是與上述名字檢索相同的，只是輸入的是ID的序號(hào)。剩下的又是上述的前世今生的信息了。

2 序列比對

在科研中最大的成就便是“新”，新領(lǐng)域、新事物、新功能哪一個(gè)不是讓人瞠目結(jié)舌的大驚喜，這就是科研界的打拼新天下，擴(kuò)充新疆土。

在這片疆土中序列就是一個(gè)標(biāo)志性的存在，序列中所謂的“新”就是排除“舊的”，這就體現(xiàn)了數(shù)據(jù)庫的重要性。

那么NCBI是如何實(shí)現(xiàn)序列比對的呢？

回歸NCBI首頁右側(cè)Popular Resources下的BLAST出現(xiàn)下圖，左側(cè)紅框是核酸序列的比對，右側(cè)紅框是蛋白序列的比對，根據(jù)需要自行進(jìn)入。

下面以核酸序列比對為例，輸入需要檢索的序列（Query Sequence），在右側(cè)還可以對檢索的序列進(jìn)行區(qū)域的設(shè)置。

或者是直接上傳本地文件，如數(shù)據(jù)庫登錄號(hào)、NCBI gi號(hào)或FASTA格式的序列的列表。

圖中綠框部分是對檢索范圍的一些具體的設(shè)置，黃框是對檢索結(jié)果進(jìn)行優(yōu)化，可根據(jù)具體情況自行設(shè)置。

檢索時(shí)可以將圈紅部分選中，這樣檢索結(jié)果就會(huì)在新的窗口展示，點(diǎn)擊BLAST，在等待新窗口時(shí)，還可以在先前的窗口對另外的序列設(shè)置檢索信息并進(jìn)行檢索，互不沖突，節(jié)省時(shí)間。

以一段序列為例，進(jìn)行展示，檢索結(jié)果如下圖，分為3個(gè)模塊：基本信息、以圖形展示的檢索信息、具體的檢索結(jié)果信息、相似序列的分類信息。

基本信息中需要分析的幾個(gè)參數(shù)，scientific name（系列所在的物種）、query cover（檢索的序列與庫中的序列覆蓋度）、E值（兩個(gè)序列對比的可信度）、per.ident（兩個(gè)序列的一致程度），當(dāng)query cover和per.ident均為100%時(shí)可認(rèn)定為相同的序列。

在答復(fù)中，經(jīng)常需要將本申請的的序列與對比文件進(jìn)行比對，那么這種對比通過NCBI又是如何實(shí)現(xiàn)的呢？

下面就通過兩個(gè)簡單的序列進(jìn)行展示。在檢索信息頁面，將圈紅的選中，就會(huì)再出現(xiàn)一個(gè)填寫序列的對話框，將需要對比的序列填入，點(diǎn)擊BLAST。

檢索結(jié)果如下圖，相似的是92%，序列的差別就是紅框部分。

好啦，小編就先分享到這了，希望這些能幫助到大家打天下。

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